Berlatar sekitar sepuluh tahun setelah The Phantom Menace, galaksi kembali berada di ambang perang. Anakin Skywalker, yang kini menjadi Padawan di bawah bimbingan Obi-Wan Kenobi, ditugaskan melindungi Senator Padmé Amidala dari ancaman pembunuhan. Seiring waktu, hubungan Anakin dan Padmé berkembang secara terlarang, sementara Obi-Wan menyelidiki misteri pasukan klon yang diciptakan secara rahasia.